Historie Kaple svaté Markéty je úzce spjata s vývojem areálu zámku Žďár nad Sázavou a sahá až do hlubokého středověku. První písemné stopy o sakrální stavbě na tomto místě, tehdy zmiňované jako kaple svaté Markéty u brány, pocházejí z roku 1352. Již tato raná existence svědčí o duchovním významu lokality, která původně sloužila jako dřevěný objekt prvního cisterciáckého kláštera.
Původní gotický kostelík, kamenná obdélníková stavba, prošel zásadní proměnou na počátku 18. století. Barokní přestavba Kaple svaté Markéty byla první významnou stavbou budoucího opata Václava Vejmluvy. V roce 1700 započala tato proměna, jejímž výsledkem měl být osmiboký půdorys. Podle historických záznamů byl stavbou pověřen Jan Spineti de Angeli, významný stavitel z Kutné Hory. Zde, ještě jako finančník kláštera, se Vejmluva učil, jak efektivně pracovat s řemeslníky a jak probíhá spolupráce s architektem.
Stavební práce na kapli svaté Markéty probíhaly s pečlivostí a za účasti mnoha řemeslníků. Z dobových záznamů víme, že "paumajstr" (pravděpodobně předák stavby) pobíral týdenní mzdu 1 zlatý a 30 krejcarů. Zedníci, kteří v roce 1701 pracovali pod jeho vedením, si vydělali celkem 387 zlatých a 53 krejcarů. Podavači, kteří s nimi na stavbě kostelíka strávili dvě léta, se později přesunuli k práci na nové klášterní bráně. Celkové náklady na zedníky, podavače a tesaře v daném období činily 564 zlatých a 34 krejcarů, což dokládá rozsáhlost a náročnost projektu. Na svoji zdejší nabytou zkušenost pak Vejmluva volně navázal při pozdější klíčové spolupráci s geniálním architektem Janem Santinim Aichlem při budování unikátního kostela svatého Jana Nepomuckého na Zelené hoře.
Přestože barokní přestavba vtiskla kapli nový charakter, po požáru a následných úpravách se z původní podoby dochovala jen část – obvodové zdivo, které tvořilo vnitřní loď. Okolo této lodi se kdysi klenuly ambity, jejichž klenby dnes můžeme obdivovat v kuchyňkách apartmánů v prvním podlaží. Z vnějšího pláště zůstala zachována čelní zeď s kamenným okenním ostěním, tichý svědek barokní elegance. Půdorys původního kostela je pro návštěvníky symbolicky vyznačen venkovní dlažbou.
Kaple byla zasvěcena svaté Markétě, uctívané světici středověku. Její příběh o víře, odmítnutí sňatku a vítězství nad zlem se promítl i do loga Kaple svaté Markéty, kde písmeno „M“, korunka a drak symbolizují její atributy.
